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과기정통부는 감사를 통해 항우연 노조 등이 근로시간 면제 제도에 대해 위반했다고 판단한 것으로 보인다. 또 노조 활동을 위해 필요한 경우 자유로운 출입을 허용하는 부분, 조합 간부들 인건비를 연구수당으로 지급한 부분에 대해 문제를 삼은 것으로 보인다.
항우연 노조는 단체협약을 통해 보장받은 권리를 과기정통부가 침해하고 있다며 반발했다. 단체협약을 통해 10~15년 넘게 보장받던 부분을 문제 삼아 감사처분을 내렸는데 단체 협약에 따라 연차는 홈페이지에 있는 부분을 그대로 썼고, 인건비도 PBS(과제중심연구제도)에 따라 인건비가 책정되면 연구수당도 책정돼 지급한 부분이라는 입장이다.
노조는 이번 감사를 노조 대상 표적 감사라고 규정해 8일께 성명서를 내고, 이의신청을 할 수 있는 15일 전에 국회 기자회견 등도 준비할 계획이다. 노조 관계자는 “노조 대상 표적감사를 한 부분이라 법적인 부분을 확인해 대응을 해나갈 계획”이라며 “원장부터 노조까지 항우연에 대한 전방위적 공격이 오고 있는데 우주항공청 개청을 앞두고 항우연을 초토화하려는 작업이 이해가지 않는다”라고 지적했다.
항우연은 이에 대해 사실관계 확인이 어렵다는 입장이다. 항우연 관계자는 “감사 처분 요구가 온뒤 이의 신청 기간도 있고, 최종 확정된 사안이 아니다”라며 “확인해드릴 내용이 없다”라고 말했다.