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자문위는 공소청법안에 대해 “전체적으로 현 검찰청법과 크게 다르지 않아 검찰청을 폐지하고 공소기능 중심의 공소청을 신설해 새로운 형사구조 개혁을 한다는 설치 배경에 맞게 검찰청법과 차별화된 조직법으로 입법해야 하는 것으로 의견을 모았다”고 밝혔다.
공소청 구조는 대공소청·고등공소청·지방공소청의 3단 구조에서 공소청·지방공소청 2단 구조로 변경해야 한다는 의견을 제시했다. 동시에 국민 피해가 없도록 항고·재항고 등 관련 절차가 정비돼야 한다고 했다.
공소청의 장 명칭은 ‘공소청장’이 적절하고 공소청장이 검찰총장에 해당함을 명시하는 규정을 두면 된다고는 의견도 냈다. 감찰관 독립성을 보장하는 규정을 두고 검사의 신분보장 규정을 변경해 검사도 징계 파면이 가능하게 해야 한다고 밝혔다.
이어 정기 적격심사 외에 수시 적격심사 규정을 둬 정상적인 직무수행이 어려운 검사의 퇴직을 명할 수 있도록 해야 하고 법무부 탈검찰화를 위한 명문 규정을 두라고도 했다.
자문위는 중수청법안을 두고 “전체적으로 현 검찰의 검사·수사관 구조를 중수청에 유사하게 이식하는 방식으로 검찰의 특수수사 역량을 사장시키지 않으려는 고육지책이라고 보더라도 전 세계적으로 수사기관에 이같은 조직 원리를 도입한 예를 찾기 어렵다”며 “자칫 제2의 검찰청이라는 오해를 받을 수 있으므로 대폭 수정해야 하는 것으로 의견을 모았다”고 했다.
자문위는 수사범위를 부패, 경제, 공직자, 내란·외환 범죄 중심으로 축소하고, 법률에 범죄의 정의를 최대한 구체화해 행정부가 대통령령으로 수사 범위를 임의로 조정하지 못하게끔 해야 한다고 했다.
행정안전부 장관이 구체적 사건에 관해 지휘·감독권을 행사할 수 없도록 규정해야 하고, 중수청은 일원 조직으로 만들어야 한다고 밝혔다. 단 검찰의 특수수사 역량을 보존할 수 있는 방안을 마련할 필요가 있다고 했다.
이밖에 감찰관 독립성을 보장하는 규정을 두고 중수청 우선수사권을 인정하지 않으며 수사기관 간 수사권의 경합은 법률에 우선요건을 규정함으로써 해결해야 한다는 의견도 제시했다.



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