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법원은 판단 근거로 세 가지를 제시했다. △고위공직자 범죄를 독립적으로 수사하도록 공수처를 설치한 법의 취지 △수사와 기소 분리를 위해 공수처와 검찰 간 적용되는 공수처법 제26조의 규정 취지 △검찰의 보완수사권에 대한 명시적 규정이 없다는 점 등이다.
공수처법 제26조는 “공수처 검사는 제3조 제1항 제2호에서 정하는 사건을 제외한 고위공직자 범죄 등에 관한 수사를 한 때에는 관계 서류와 증거물을 지체 없이 서울중앙지방검찰청 소속 검사에게 송부해야 한다”고 규정한다. 제3조 1항 2호는 대법원장 및 대법관, 검찰총장, 판·검사, 경무관 이상 경찰 공무원의 범죄에 대해 공수처가 공소를 제기하고 유지할 수 있다고 명시하고 있다.
법원은 이를 근거로 “공수처 검사가 고위공직자범죄를 수사한 뒤 공소제기요구서와 함께 서류·증거물을 검찰에 송부한 사건에서, 이를 송부받아 공소제기 여부를 판단하는 검찰이 수사를 계속할 상당한 이유가 있다고 보기 어렵다”고 설명했다.
이 사건과 관련해 관할법원을 둘러싼 문제도 있었다. 공수처는 대통령 관저 관할을 근거로 서울서부지법에 구속영장을 청구했고, 지난 19일 발부됐다. 반면 검찰은 내란 사건 관할이 중앙지법이라고 보고 이곳에 연장을 신청했다.
한편 윤 대통령 측은 그동안 공수처의 내란죄 수사권을 인정할 수 없다며 조사를 거부해왔다. 이번 법원의 결정으로 검찰의 대면조사도 무산됐으며, 검찰은 기소 방안을 포함한 대응책을 검토할 것으로 보인다.