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법무부는 별도 심문기일 지정 과정에서 사건 관계인들의 출석 기피로 인한 수사 지연과, 수사 상황 유출에 따른 증거인멸 및 관계인 회유·위해 등 ‘사법방해’ 우려를 주된 반대 이유로 들었다. 특히 사실관계나 법리가 복잡한 ‘화이트칼라 범죄’ 사건에만 심문 기회가 편중될 수 있어 빈부 격차나 사회적 지위에 따른 형평성 문제가 발생할 수 있다고 지적했다.
법무부 관계자는 “현재도 영장이 기각될 경우 법관이 기재한 의문사항을 토대로 충분히 보완수사가 가능하다”며 “보복범죄 등 부작용 우려가 큰 사전심문제를 굳이 도입할 실익이 없다”고 설명했다.
개정안에 따르면 전자정보 압수수색 집행 과정에서도 선별 압수 원칙과 당사자의 절차 참여를 보장하도록 했다. 이에 대해 고위공직자범죄수사처(공수처)는 “현장 상황에 대처하기 곤란하고 불완전한 압수수색으로 실체적 진실 발견이 저해될 우려가 있다”며 신중한 검토가 필요하다는 입장을 밝혔다.
경찰청 역시 “대면심문제도 도입 시 수사의 밀행성 및 신속한 수사에 차질이 생겨 국민 편익을 해하는 결과를 초래할 수 있다”며 신중 검토 의견을 낸 것으로 전해졌다. 또한 피의자 도주 우려가 있고 대면심리 요건이 불명확하다는 점도 지적했다.
반면 대법원 법원행정처는 “광범위한 압수수색으로 인한 피의자의 기본권 침해를 최소화할 수 있도록 하는 개정안의 입법취지에 공감한다”며 “입법정책적으로 결정할 사안”이라는 의견을 제시했다.