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단체들은 지도교수 A씨와의 관계에 대한 의혹도 제기했다. 단체들은 “조 차관의 고려대 언론학 박사과정 당시 지도 교수였던 A 교수가 논문에 연속해서 공저로 참여하고 있다”며 “표절 의혹이 제기된 논문으로 조 차관과 A 교수 모두 연구 실적으로 인정받았을 것”이라고 지적했다.
이어 “조 차관은 뚜렷한 연구 실적이 없음에도 2005년에 명지대 교수로 임용됐다”며 “교육부와 감사원 감사를 통해 임용 과정을 명확히 조사해야 한다”고 주장했다.
이에 대해 조성경 과기정통부 1차관은 반박자료를 통해 사실무근이라며 반박했다. 조 차관은 “박사학위 취득에 어떠한 비위나 하자가 없고, 지극히 정상적인 절차를 거쳐 학위를 취득했다”며 본인이 추호라도 의혹을 살만한 소지가 있다면, 학위 수여 대학(아주대, 고려대)의 조사와 판단을 받을 용의도 있다“고 밝혔다.
조 차관은 윤리위반에 대해서도 “한교협의 사실무근인 일방적 주장에 불과하며, 본인을 비방하려는 목적의 악의적 명예훼손 행위라고 볼 수 밖에 없다”며 “교수 임용에 대해서도 적법한 절차를 거쳐 임용됐으며, 사실관계 확인이나 조사에도 성실히 응할 의사가 있다”고 반박했다.
한 매체가 “국가 예산으로 배정된 법인카드 사용 내역 중 추가로 설명이 필요한 항목이 있다”고 지적한 부분에 대해서도 조 차관은 “업무추진비 집행 관련해 어떠한 경우에도 사적으로 업무추진비를 사용한 적이 없다”고 밝혔다.