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재판부는 “대한민국의 행정 처분에 위법성이 없다고 봐 원고들의 청구를 모두 기각한다. ”마찬가지로 각 수련병원도 불법행위라 볼 수 없어 청구를 기각한다“고 밝혔다.
지난해 2월 정부는 ”보건의료 정책을 위해 필요하거나 국민 보건에 중대한 위해가 발생할 우려가 있으면 의료기관이나 의료인에게 필요한 지도와 명령을 할 수 있다“며 각 수련병원에 사직서 수리 금지 명령을 내렸다.
이후 사직 전공의들은 헌법상 직업 선택의 자유를 침해했다면서 소송을 제기했다. 사직서를 수리하지 않아 전공의들이 취업하지 못하도록 한 것은 위법이라는 주장이다. 이들은 월급을 받지 못해 손해를 보고 있다고 주장했다.
또 ”전공의 사직으로 일반 사망률 등이 높아지지 않았고 국민 보건에 중대한 위해가 발생하지 않았다“고 재판에서 주장했으나 재판부는 이같은 주장을 받아들이지 않았다.
수련병원 측은 행정행위에 공정력(행정행위에 하자가 있더라도 그 효력을 부인할 수 없는 힘)이 있으므로 이를 따를 의무가 있으며, 사직서를 수리하지 않은 것도 적법하다고 주장했고, 위법행위라고 할지라도 고의·과실이 인정되지 않는다는 입장이었다.
정부 측 역시 사직서 수리 금지 명령은 적법하고 결국 철회됐으므로 그 이후에 손해를 주장하는 것은 근거가 없다고 주장했다. 정부 측은 손해액 자체도 입증되지 않았고 인과관계도 없다는 입장이었다.

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