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1938년 일본계 이민자 출신 가정에서 태어난 그는 국립 라 몰리나 대학 총장까지 역임한 학자 출신이다. 전국대학총장연합회 회장이 되면서 정치인으로 변신, 1990년 ‘캄비오 90(개혁 90)’ 이라는 신당을 급조해 같은 해 실시된 대선에서 페루 출신 유명 작가인 마리오 바르가스 요사(2010년 노벨 문학상 수상)를 근소한 표 차이로 따돌리고 대통령에 당선됐다. 1995년 대선에선 유엔사무총장 출신인 하비에르 데 케야르 후보를 물리치고 재선에 성공했다.
임기 초반에는 국영 산업 민영화를 통한 경제 안정화와 게릴라 축출을 위한 과감한 치안 정책으로 큰 인기를 얻었습니다. 그러나 3선 연임에 성공한 2000년 자신의 재임 중 페루에서 자행된 각종 학살·납치 등 각종 인권침해 범죄가 드러나면서 불명예스럽게 권좌에서 물러났다. 후지모리는 당시 일본으로 망명한 상태에서 팩스로 사임서를 제출해 논란이 일기도 했다.
그러다 2005년 대선 출마를 위해 칠레로 입국했다가 구금돼 2007년 페루로 송환됐다. 재임 중 인권침해 사건으로 살인죄로 기소돼 2010년 징역 25년형이 확정돼 수감 생활을 했다. 지난해 12월 석방 후 차기 대선 출마를 검토하는 등 정계 복귀에 대한 미련을 보였으나 최근 건강 상태가 급격히 악화한 것으로 알려졌다.
일본 국적도 보유하고 있던 후지모리 전 대통령은 지난 2007년 일본 참의원 선거에서 군소야당인 국민신당의 비례대표로 입후보했다가 낙선했다. 이에 대해 페루 정부 관리들은 그가 페루 송환을 모면하기 위해 꼼수를 부렸다고 비난한 바 있다.