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중소기업 정책 자금 대폭 손질, R&D 지원금 구조조정한다

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김아름 기자I 2026.08.27 11:00:03

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중기부 등 관계부처, 재정운용전략협의회 개최
전부처 中企 지원사업 효율화, 4조 예산 절감
신성장 분야 혁신기업 육성에 5년간 100억 투자

[이데일리 김아름 기자] 정부가 중소기업에 지급해온 연구개발(R&D)예산과 지원사업의 효율화에 나선다. 중소기업 지원사업 472개를 대상으로 유사·중복 사업과 소액·나눠주기식 사업, 저성과·관행 사업 등을 정리해 총 4조원의 예산을 절감하고 이를 신성장 분야 혁신기업 육성에 투입한다.

노용석 중소벤처기업부 장관 직무대행 제1차관이 27일 서울특별시 중구 예금보험공사에서 열린 ‘재정운용전략협의회’에서 ‘전부처 중소기업 지원사업 효율화 방안’과 ‘신성장 분야 혁신기업 육성 방안’ 관련 토론을 하고 있다. (사진=중기부)
노용석 중소벤처기업부 장관 직무대행 제1차관이 27일 서울특별시 중구 예금보험공사에서 열린 ‘재정운용전략협의회’에서 ‘전부처 중소기업 지원사업 효율화 방안’과 ‘신성장 분야 혁신기업 육성 방안’ 관련 토론을 하고 있다. (사진=중기부)
중소벤처기업부 등 관계부처는 27일 ‘재정운용전략협의회’에서 ‘전부처 중소기업 지원사업 효율화 방안’과 ‘신성장 분야 혁신기업 육성 방안’을 발표했다.

정부 중소기업 지원사업은 중기부, 과학기술정보통신부, 산업통상부 등 22개 부처가 운영 중이며, 올해 기준 671개, 31조 원 규모에 이른다. 많은 중소기업이 정부 지원을 통해 성장하고 있으나, 일부 유사·중복 사업, 소액·나눠주기, 저성과·관행적 사업 등이 유지되고 있어 예산이 비효율적으로 운영되고 있다는 지적이 제기돼 왔다. 이재명 대통령도 지난 3월 ‘중소기업인과의 대화’에서 “중소기업 지원사업은 헝클어진 머리카락과 같아서 빗어낼 필요가 있다”라고 지적한 바 있다.

정부는 이 문제를 해결하기 위해 중소기업 지원사업 효율화에 착수했다. 중기부 전체 사업 259개(16조 5000억 원 규모)와 16개 부처 213개 사업 등 총 17개 부처의 472개 25조 5000억 원 규모 중소기업 지원사업을 효율화 대상으로 설정하고, 사업별 면밀한 분석을 통해 대대적인 효율화 방안을 마련했다. 그 결과 사업 절반에 해당하는 232개 사업을 효율화하기로 했다. 88개 사업을 통폐합 또는 폐지하고 144개 사업을 감액해 총 4조 원의 예산을 절감한다.

효율화를 통해 절감된 4조 원은 중소기업 지원 관련 고성과 사업과 신성장 분야 혁신기업에 재투자할 계획이다. 중기부는 기획예산처(재원배분·쟁점조정), 국방부·방위사업청 등(신안보), 보건복지부(제약바이오), 기후에너지환경부(기후테크), 문화체육관광부(K-소비재) 등 분야별 관계부처와 신성장 분야 혁신기업 육성을 위한 전방위 협업체계를 구축한다. 중기부와 이들 관계부처는 지난 6월 발표한 ‘미래 신안보 혁신기업 육성 방향’에 이어 제약바이오·기후테크·K-소비재 분야에 대해서도 분야별 대책을 마련해 10월까지 순차적으로 발표할 계획이다.

신성장 분야 혁신기업은 맞춤형으로 묶어 장기간 지원한다. 내년부터 관계부처가 함께 신성장 분야 혁신기업 300개사를 매년 발굴하고 혁신기업에는 전문 컨설팅과 함께 사업화·금융·수출·인력·기술개발(R&D) 등 성장에 필요한 다양한 정책을 묶음으로 최대 5년간 100억 원 이상 지원한다. 우선 2년간 지원한 후 단계별 목표(마일스톤) 달성 여부를 평가해 3년간 추가 지원할 방침이다. 기획예산처와 중기부는 해당 프로젝트에 내년 2388억 원의 예산을 정부안에 반영했다.

노용석 중기부 제1차관은 “국민의 세금으로 운영되는 중소기업 지원 예산이 꼭 필요한 곳에 효율적으로 활용될 수 있도록 할 것”이라며 “신성장 분야의 중소기업 정책 패러다임을 전환해 글로벌 시장을 선도하는 실질적 성과를 반드시 창출할 것”이라고 밝혔다.

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