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국세청은 신풍제약이 세금을 탈루하고 비자금을 조성한 것으로 보고 관련 내용을 조사 중이다. 국세청은 신풍제약이 비자금을 만들어 불법 리베이트 제공 등에 활용했는지도 조사하고 있다. 지난해 신풍제약은 의료인에게 의약품 판매 촉진 목적의 금품 리베이트를 제공해 식품의약품안전처로부터 3개월의 판매업무정지 처분을 받았다.
앞서 국세청은 2016년에도 신풍제약을 상대로 특별세무조사에 착수해 수백억원대 세금을 추징했다. 당시 신풍제약은 조세심판원에 조세 불복 소송을 제기했으나, 조세심판원은 이를 받아들이지 않고 국세청 손을 들어줬다.