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앞서 서울시교육청은 2020년 7월 휘문고의 대규모 회계 부정 사실을 파악하고 자사고 지정취소를 결정했다. 서울시교육청은 2018년 회계감사에서 휘문의숙 명예이사장과 행정실장이 총 38만2500만원의 공금을 횡령한 의혹을 확인했다. 이들이 자사고 지정 이전인 2008년부터 횡령한 액수는 52억원에 달하는 것으로 파악됐다. 이후 교육부가 지정취소에 동의하자 휘문고는 서울시교육감을 상대로 자사고 지정취소처분 취소 소송을 제기했다.
재판부는 “이 시간 처분의 사유로 인정되는 횡령 액수가 30억 7500여만원에 이르고 장기간 횡령이 진행되며 원고가 교육기관으로서 사회적 책임을 다하지 못했다고 볼 수 있다”고 판시했다. 이어 “교육부의 초중등교육법 시행령 개정 방침에 따라 2025년 자사고를 폐지할 예정이기 때문에 이 사건 처분으로 원고가 입을 피해가 크다고 볼 수도 없다”고 덧붙였다.
이로써 휘문고는 2009년 자사고 지정 이후 회계부정 사유로 지정이 취소된 첫 번째 사례가 됐다.
서울시교육청은 이같은 법원의 판결에 환영의 뜻을 밝혔다. 서울시교육청은 “이번 판결은 학교법인·학교 관계자에 의한 회계부정이 관련 법령의 자사고 지정 취소 사유에 해당한다는 시교육청의 판단과 그에 따른 자사고 지정취소 처분의 적법성·정당성을 인정한 것”이라고 했다.
서울시교육청은 일반고 전환 시 현재 재학생들은 졸업할 때까지 자사고 학생 신분과 입학 당시 계획된 교육과정 등을 최대한 보장하겠다는 입장이다. 서울시교육청은 “자사고의 공정하고 투명한 학교 회계 운영·자율권에 따르는 사회적 책무성을 강화하기 위해 지도를 철저히 할 계획”이라고 밝혔다.