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해당 의혹은 2015년 검찰에서 무혐의 처분된 한 사건에서 출발한다. 윤 전 서장은 2011~2012년 세무조사 무마 청탁 등 대가로 육류 수입업자로부터 수천만 원 상당의 금품을 수수한 혐의로 경찰 수사를 받았다. 경찰은 기소 의견으로 검찰에 송치했지만, 검찰은 ‘대가성이 없다’며 불기소 처분했다. 다만 사건 처리 과정에서 검찰 고위 인사들이 수사를 무마한 것 아니냐는 의혹이 지속적으로 제기됐다.
당시 검찰의 소극적인 태도가 문제가 됐다. 경찰 수사 단계에서 검찰은 경찰이 윤 전 서장에 대해 신청한 압수수색 영장을 6차례 반려했다. 그 사이 윤 전 서장은 해외 도피를 시도했고, 2013년 적색 수배 끝에 태국에서 체포돼 국내로 압송됐다. 인천공항에서 윤 전 서장의 신병을 확보한 경찰은 검찰에 구속영장을 신청했지만, 검찰은 이를 반려했다. 결국 경찰은 그해 8월 불구속 기소 의견으로 검찰에 사건을 넘겼고, 검찰은 18개월 동안 사건을 쥐고 있다가 무혐의 처분했다.
이 사건에는 윤 후보 이름이 거론된다. 윤 전 서장이 윤 후보 측근으로 꼽히는 윤대진 법무연수원 기획부장(검사장)의 친형이기 때문이다. 당시 서울중앙지검 특수1부장이었던 윤 후보는 수사 과정에서 윤 전 서장에게 변호사를 소개해 줬다는 논란의 중심에 서기도 했다. 윤 후보 검찰총장 지명 당시인 2019년 인사청문회에서 윤 전 서장 의혹을 수사한 경찰은 윤 전 서장과 윤 후보, 윤 검사장의 친분 때문에 수사에 차질을 빚었다는 취지로 진술했다. 청문회 과정에서 윤 후보는 해당 의혹을 모두 부인했다.
의혹은 고발로 이어졌다. 시민단체 등은 2019년 7월 윤 후보가 중앙지검 특수1부장 시절 윤 전 서장에 대한 수사를 무마하고, 검찰총장 청문회 당시 허위 답변서를 제출하거나 허위 증언을 했다는 고발장을 접수했다.
검찰은 해당 의혹들을 모두 불기소 처분했다. 우선 윤 후보가 윤 전 서장에게 변호사를 소개해 줬다는 변호사법 위반 혐의는 ‘공소권없음’ 처분했다. 고발장 제출 당시 공소시효가 넘어 공소권을 행사할 수 없다는 설명이다.
검찰총장 인사청문회 당시 허위 답변서를 냈다는 의혹은 혐의없음 처분했다. 검찰은 인사청문 대상인 공직후보자는 형법 기타 특별법상 공무원으로 의제하는 규정이 없고, 인사청문과 관련해 국회에 제출한 답변서는 공직후보자 자격에서 제출하 것일 뿐, 당시 서울중앙지검장이었던 윤 후보의 직무와 관련해 작성된 공문서로 볼 수 없다고 설명했다. 허위 진술을 했다는 혐의에 대해선 20대 국회의 존속기간인 작년 5월 내 국회의 고발 없이 작년 9월 검찰에 송치돼 ‘공소권없음’ 처분했다고 했다.
검찰은 이날 윤 후보와 함께 고발장이 접수된 윤 검사장의 직권남용 권리행사 방해 혐의에 대해서도 불기소 처분했다. 윤 검사장은 윤 전 서장에 대한 경찰 수사 당시 대검 중수2과장으로 있으면서 경찰이 신청한 압수수색영장을 6차례 반려하게 하는 등 경찰 수사를 방해했다는 혐의를 받았다.
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검찰은 윤 전 서장이 육류수입업자 A씨로부터 뇌물을 수수한 것 외에 2004년 10월경부터 2012년 3월경까지 세무법인 대표이사 B씨로부터 세무 업무 관련 각종 편의 제공 등 대가 명목으로 합계 1억 6000여만 원을 수수한 혐의도 추가로 인지했다고 밝혔다.
윤 전 서장은 지난 23일 사업가들로부터 뒷돈을 받고 법조인·세무당국 관계자에게 청탁을 해주겠다며 ‘불법 브로커’ 역할을 한 혐의로 구속기소됐다.