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당시 국정원은 ‘투개표 결과가 해킹될 수 있다’는 보안점검 결과를 선거 직전 발표했다. 이 발표 시점을 정하는 데 국정원 고위직들이 관여했으며 내용에도 일부 허위가 섞인 의혹이다.
김태우 전 강서구청장의 유죄 확정판결로 생긴 당시 보궐선거는 국민의힘이 다시 친윤 성향 김 전 구청장을 후보로 내고 더불어민주당이 진교훈 후보를 대항마로 내세우며 양당의 총력전으로 치러졌다.
그런데 국정원은 본투표를 하루 앞둔 10월 10일 “선관위 투개표 시스템에 해킹 취약점이 다수 발견됐다”고 전격적으로 발표했다. 그해 7월부터 9월까지 선관위, 한국인터넷진흥원(KISA)과 함께 ‘가상 해킹’을 해본 결과 유령 유권자 등록이나 사전투표 여부 조작, 득표수 변경, 투표지 분류기 해킹 등이 가능했다는 것이다.
그간 음모론에 그쳤던 ‘부정선거론’을 국정원이 공식화하는 듯한 모습에 당시 여권인 국민의힘에선 사전투표 폐지론과 수개표 주장이 강하게 제기됐다.
선거가 민주당 진교훈 후보의 압승으로 끝나며 잠잠해졌던 논란은 정권 교체 후 작년 10월 국정원 출신 민주당 박선원 의원이 제보를 바탕으로 경찰에 고발장을 내면서 다시 불거졌다.
경찰은 “앞으로 관련자 조사 등 법과 원칙에 따라 엄정하게 수사를 진행할 예정”이라고 밝혔다.

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