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공판준비기일은 공소사실에 대한 검찰과 피고인 측 입장을 확인한 뒤 증인 신문을 비롯한 증거조사 계획 등을 세우는 절차다. 정식 재판이 아닌 재판 준비절차인 만큼, 피고인 출석 의무가 없다.
서 전 실장은 2020년 9월 서해상에서 해양수산부 공무원 고(故) 이대준씨가 북한군 총격에 사망하는 사건을 고의로 은폐하고, 사건을 왜곡 발표하도록 지시한 혐의를 받는다.
구체적으로 서 전 실장은 피격 사망 사실을 숨긴 상태에서 해경이 실종상태에서 수색 중인 것처럼 허위 보도자료를 배포하도록 하고, 월북 조작을 위해 국방부와 해경이 허위 보고서 및 발표자료 등을 작성해 배부 하도록 한 혐의를 받는다. 정부 차원의 단일한 대응을 위해 국가안보실에서 ‘자진월북’으로 정리한 허위자료를 작성해 관련부처에 배부한 혐의 등도 있다.
김홍희 전 청장에겐 서 전 실장 지시에 따라 이씨의 피격 사망 사실을 숨긴 채 실종상황에서 수색 중인 것처럼 허위 보도자료를 배포하고, 월북 가능성 및 판단 등에 대한 허위 발표자료를 작성·배부해 고인과 유족의 명예를 훼손한 혐의가 적용됐다. 아울러 유족의 정보공개청구에 대해 허위내용의 정보공개결정통지서 작성해 교부한 혐의도 있다.
서 전 실장 측은 결백을 주장하고 있다. 그는 입장문을 통해 “관련첩보를 실무자 200~300여명이 알고 있었던 상황에서 은폐를 시도한다는 것은 상상할 수 없는 일”이라며 “당시 월북으로 단정한 바도 없을뿐더러 월북과 배치되는 정보를 선별 삭제했다는 것은 전혀 사실이 아니다”고 밝혔다.