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복지부는 사업 시행 전 유형별로 단가를 정해(1상 6개 과제, 2상 4개 과제, 3상 4개 과제) 지원할 계획이었으나, 계획을 수정해 기업 규모에 따라 상한액만 정하며 보다 많은 금액이 지원될 수 있도록 변경했다.
복지부는 제약사로부터 치료제 임상지원 신청을 받고 심사 후 결정을 하게 되는데, 선정된 제약사와 복지부는 연구개발비용을 산정하고 제약사의 회사규모에 따라 지원금액을 결정해 지원되는 방식이다.
셀트리온에 특혜 의혹이 제기된 이유는, 대기업임에도 불구하고 중견기업 기준인 60%를 적용받았기 때문이다. 현 기준은 대기업 50%, 중견기업 60%, 중소기업 75%이다. 복지부는 지원 할 당시 중견기업이었다는 입장이나, 공정거래위원회로부터 확인한 바에 따르면 셀트리온이 지원받을 당시 대기업이었던 것으로 확인됐다.
특혜 의혹은 이뿐만이 아니다. 셀트리온이 복지부에 치료제 임상지원을 요청한 과제는 2, 3상이었으나, 복지부는 1상까지 포함해 1, 2, 3상 전체를 지원했다. 기업에서 신청하지도 않은 1상 금액까지 복지부에서 챙겨준 것도 의문이지만, 당시 셀트리온은 식약처에 2상을 신청한 상황이었기에 1상(건강한 대상자) 지원이 왜 필요했냐는 지적이 나온다.
이 의원은 “특정 치료제에 선택과 집중을 통해 지원 할 수는 있지만, 복지부가 스스로 만들어 둔 규정을 어겨가면서 까지 지원한 것은 큰 문제이다”며 “사업 계획 변경부터 지원 금액 집행까지 특혜 여부를 철저히 조사해야 한다”고 강조했다.





