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조 대표는 지난 2021년 6월 자신의 사회관계망서비스(SNS)에 과거 자신이 국정원의 불법 사찰을 받았다고 주장했다. 당시 조 대표는 “과거 국정원이 저에 대해 사찰 및 공작 활동을 벌인 자료에 대한 공개청구를 한 결과 ‘부분 공개’ 결정을 받았다”며 국정원이 자신을 ‘종북좌파’, ‘대한민국의 적’ 등으로 규정하고 ‘서울대를 압박해 조국 교수를 제어·사퇴시키기 위한 행동 전략’을 수립했다고 한다고 주장했다.
조 대표 측은 “확인된 내용만으로도 국정원은 법으로서 부여받은 권한을 넘어 국내 정치에 개입하고 국민이 아닌 특정 정권에 충성하고 정권 비판 세력을 제압하는데 직권을 남용해 국정원법을 명백히 위반했다”며 국가에 정신적 피해에 대한 2억원의 손해배상을 청구했다.
1심 재판에서는 국정원의 불법행위를 인정해 국가가 조 대표에 5000만원의 위자료를 줘야 한다고 판결했다. 그러나 2심에서는 국정원의 불법 사찰을 인정하면서도 국정원 사찰 문서가 2011년 5월에 마지막으로 작성된 점을 들어 ‘공소 시효’가 지난 것으로 봤다. 박근혜 정부 당시 국정원 사찰은 공소 시효가 지나지 않아 위자료 1000만원을 결정했다.
재판부는 “정치적 중립을 지켜야 할 의무가 있는 국가기관이 법령을 위반하면서까지 개인의 기본권을 침해한 불법행위로 그 위법성의 정도가 중하고, 원고는 사실이 밝혀지기까지 그 이유도 모른 채 압박감을 겪는 등 정신적인 고통을 받았을 것으로 보인다”라고 판시했다.