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윤 의원은 검찰의 공소사실을 모두 인정할 수 없다며 다음 기일에 의견을 밝히겠다고 말했다. 윤 의원은 “대선으로 경황이 없어 변호인 선임을 못하고 제대로 대비하지 못했다”며 “공소사실을 인정할 수 없다. 다음 기일까지 변호인을 선임해 제대로 준비하겠다”고 말했다.
검찰에 따르면 2011년 7월 한국미래발전연구원(미래연)이 직원 급여를 지급하지 못할 정도로 재정적 어려움을 겪자 기획실장으로 있던 윤 의원은 회계직원 김모씨를 국회 인턴으로 허위 등록했다. 윤 의원은 당시 국회의원이던 백원우 전 비서관과 공모해 김씨를 인턴으로 근무시킬 생각 없이 백 전 비서관의 의원실에 취업시켜 급여를 받았다. 이 과정에서 김씨의 명의로 된 차명계좌로 급여 545만여원을 편취한 혐의도 받는다.
해당 의혹은 김씨가 최초 제보하며 수면 위로 올라왔다. 시민단체 법치주의 바로세우기 행동연대는 2020년 6월 윤 의원을 횡령·배임·금융실명제법 위반 등 혐의로, 백 전 비서관을 사기 혐의로 고발했다. 서울남부지검은 지난해 11월 사기 혐의로 윤 의원과 백 전 비서관을 각각 벌금 300만원에 약식기소했고, 윤 의원에 대한 업무상횡령 혐의는 증거가 불충분해 혐의가 없다고 판단했다.
이에 서울남부지법은 지난해 12월 검찰의 약식기소에 200만원을 추가한 벌금 500만원의 약식명령을 내렸지만 윤 의원은 이에 불복해 정식 재판을 청구한 바 있다. 약식명령은 혐의가 무겁지 않은 사건에서 정식 공판 없이 벌금·과료 등을 내리는 절차다.