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정 전 실장은 지난 2019년 11월 강제북송 사건 당시 문재인 정부 외교안보 라인의 최고 책임자로 탈북 어민 2명에 대한 합동 조사가 끝나기 전에 강제 북송을 결정한 혐의를 받고있다. 북한인권정보센터(NKDB)는 지난해 7월 정 전 실장을 서훈 전 국정원장 등과 직권남용 등 혐의로 고발했다.
북한 어민 2명은 동료 선원 16명을 살해하고 도주하다 2019년 11월2일 한국 정부에 나포됐다. 정부는 나포 이틀 만인 2019년 11월4일 노영민 전 비서실장 주재 청와대 대책회의에서 북송 방침을 결정했고 11월7일 이들의 신병을 판문점을 통해 북한당국에 넘겼다.
이 과정에서 정부가 합동조사를 조기에 강제 종료하고 어민들이 귀순 의사를 밝혔음에 강제로 북송했다는 의혹이 제기됐다.