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정부형태는 권력구조 문제와 직결되는 만큼 여야의 이견이 가장 큰 분야다. 집권여당인 더불어민주당은 4년 중임제를, 제1야당인 자유한국당은 이원정부제를 선호하고 있다. 자문위는 보고서를 통해 “현행 권력구조의 개선방향과 관련해 분권이 강조돼야 한다는 점에 대해서는 이견이 없다”면서도 “분권의 구체적인 방식과 내용에 대해서는 선호하는 정부형태에 따라 이견이 나타났다”고 두 가지 방안 제시에 대한 배경을 설명했다.
또 “이원정부제를 주장하는 위원들은 대통령제 하에서의 분권에는 한계가 있기 때문에 정부형태 자체를 바꿈으로써 분권을 확실하게 실현해야 한다는 입장”이라며 “반면에 4년 중임제를 주장하는 위원들은 대통령제 하에서도 대통령 내지 정부의 권한을 일부 축소하고 국회의 정부에 대한 통제권을 강화함으로써 분권 실현이 충분하다는 견해”라고 전했다.
다만 이같은 견해 차에도 불구하고 자문위는 △획기적 지방분권 헌법화 △지역균등제를 명문화한 상원과 비례성강화를 명문화한 하원 양원제 △국정조사 활성화(국정감사폐지) △공무원에 대한 인사청문과 인준제 강화 △예산법률제 도입과 국회재정총액범위 내 조정권 확대 △의회의 국무총리 및 국무위원에 대한 통제강화 등 대통령 권력분산을 위한 세부안에 대해서는 의견이 일치했다. 직접민주제 강화를 위해 정부형태와 관계 없이 △중요정책 국민투표제 △법률안 국민발안제·국민투표제 △헌법개정 국민발안제 △제한적 국민소환제 등을 도입해야 한다는 점에도 합의했다.
자문위 보고서에 따르면 4년 중임제는 대통령의 국가원수 자격을 폐지하고 행정부 수반으로만 역할하도록 규정했다. 국회 입법권을 강화하는 의미로 현재 정부가 가진 법률안 제출권도 폐지하도록 했다.
이원정부제는 직선제를 통해 6년 단임 임기의 대통령을 선출하고, 하원이 하원의원 중에서 국무총리를 선출하도록 했다. 대신 행정부의 법률안 제출권을 그대로 두고 대통령에게 국회해산권을 부여하도록 했다.
자문위는 4년 중임제 장점으로는 ‘입법부와 행정부 간 명확한 권력분립과 견제·균형’을. 단점으로는 ‘의회의 대통령 견제권이 미약할 경우 대통령의 독재화’를 꼽았다. 반대로 이원정부제의 장점으로는 ‘대통령과 총리의 행정권 분점 행사로 전향적인 분권 강화’를, 단점으로는 ‘대통령과 총리 소속정당이 다르면 대통령과 총리 및 내각 간 불화와 정치적 갈등’을 제시했다.