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그런데 동수원세무서는 지난 2017년 삼성전자 측에 법인세 113억원 추가 납부를 지시한다. 삼성전자의 2013년 특허권 사용료는 총 1조2815억원인데, 삼성전자가 1조2125억원에 대해서만 법인세를 납부했기 때문에 차액인 690억원에 대한 법인세 113억원을 추가로 내야 한다는 이유에서다.
삼성전자는 해당 징수가 부당하다며 조세심판원에 처분 취소를 청구했지만, 기각당했고 이내 소송전으로 이어졌다.
사법부는 세무당국 처분이 부당하다고 봤다. 1심은 삼성전자가 MS 측에 지급한 특허 사용료 중 국내에 등록된 특허권 사용료에 해당하는 부분만 국내원천소득에 해당한다고 판단했다. 재판부는 “2013년 기준 MS 전체 특허 4만1613개 중 국내에 등록된 특허는 1222개”라며 “해당 기준에 따라 삼성전자가 납부해야 할 법인세 원천세액은 56억원이었지만, 삼성전자는 이미 1818억원을 납부한 상태였기에 추가로 내야 할 법인세는 없다”고 판시했다.
세무당국 측 항소로 법적 다툼은 계속됐지만, 2심 재판부도 1심 판단을 유지했다. 재판은 상고심까지 이어졌고, 대법원 3부(주심 노정희 대법관)는 재차 삼성전자 측 주장을 받아들여 원고 승소 판결한 원심을 확정한다고 20일 밝혔다.