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김 전 원장은 국정원장 재직 당시인 2008년 3월 이명박 전 대통령의 요청에 따라 특수활동비 2억원을 전달하고, 같은 해 4~5월에는 김백준 전 청와대 총무기획관을 통해 2억원을 추가로 전달한 혐의를 받는다.
검찰은 김주성 전 국정원 기조실장이 김 전 원장 지시를 받아 김 전 기획관을 통해 이 전 대통령에게 국정원 자금을 전했다고 봤다.
앞서 1·2심은 핵심 증인인 김 전 기획관과 김 전 실장 진술의 신빙성이 부족하다고 보고, 김 전 원장에게 무죄를 선고했다.
당시 재판부는 “뒷받침하는 유일한 증거는 김 전 기획관과 김 전 실장의 진술뿐이지만 믿기 어렵고 검사가 제출한 증거만으로는 해당 2억원이 국정원 자금이라고 단정할 수 없다”고 판단했다.