A씨는 병원을 운영하며 병원경영지원회사(MSO)와 병원용역관리 및 결제대행 계약을 체결했다. 계약에 따라 이들은 A씨 대신 의료용역 대금을 직접 받고 세금계산서를 발행했다. 이후 이들은 A씨에게 병원 관리 및 결제 대행 수수료를 제외한 나머지 금액을 지급했다.
세무당국은 2019년 5월부터 9월까지 A씨에 대한 세무조사를 실시하고, A씨가 계약한 병원경영지원회사가 신용카드 위장가맹점에 해당한다고 결론냈다. 이에 따라 세무당국은 A씨에게 부과가치세 약 3억 6412만원, 종합소득세 약 1억 3688만원을 경정·고지했다.
A씨는 이에 불복해 소송을 제기했으나, 법원은 세무당국의 세금 부과는 정당하다고 봤다.
재판부는 “A씨가 계약한 병원경영지원회사는 의료행위와 직접적인 의료행위를 할 수 있는 의료기관이 아니다”며 “병원경영지원회사는 의료행위와 관계없는 병원경영 전반에 관한 서비스를 제공하는 회사인 만큼 병원경영지원회사를 공급자로 하는 세금계산서를 발행할 수는 없다”고 설명했다.
이어 “오히려 A씨가 환자들로부터 의료용역대금을 직접 지급받고 환자들에게 이에 대한 세금계산서를 발행한 후 이를 원고의 매출로 세무 및 회계처리를 해야 한다”며 “이 사건 병원경영지원회사들은 원고로부터 병원관리 및 결제대행 용역대금을 지급받은 후 원고에게 이에 대한 세금계산서를 발행했어야 한다”고 부연했다.