합병전 회사 위장거래 몰라 세금폭탄…法 "처분 취소"

[이데일리 성주원 기자] 인수합병 회사의 위장거래 의혹을 제기하면서 억단위 부가가치세를 부과한 세무서를 상대로 처분취소 소송을 낸 원고 주식회사가 일부 승소했다.

서울행정법원 전경. (사진=이데일리)

15일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정2부(부장판사 신명희)는 A사가 도봉세무서를 상대로 제기한 부가가치세부과처분 취소 소송에서 원고 일부 승소 판결했다.

B사는 2015년 2기 부가세 과세기간에 거래업체 C사로부터 공급가액 7억3000여만원의 세금계산서를 받고 7000여만원을 매입세액으로 공제해 도봉세무서에 부가세 확정신고를 했다. B사는 또 2016년 1기 부가세 과세기간에 거래업체 D·E사로부터 각각 공급가액 5억1000만원, 4억5200만원의 세금계산서를 받아 총 9620만원을 매입세액으로 공제해 부가세 확정신고를 했다. 이후 B사는 2019년 2월 A사에 흡수합병됐다.

도봉세무서는 A사에 대한 부가세 세무조사를 실시한 결과 앞서 합병 전 B사의 세금계산서들이 재화의 공급없이 수수한 가공세금계산서라고 보고 A사에 총 3억5000여만원의 부가세(가산세 포함)를 경정고지했다.

A사 측은 “B사는 실제로 휴대폰 충전기, 휴대폰 거치대 삼발이를 공급받고 대금을 지급한 뒤 세금계산서를 수취했다”며 “설령 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하더라도 A사는 이를 알지 못했고 과실이 있다고 할 수 없다”고 주장했다.

이어 “A사의 과실이 인정된다고 보더라도 A사는 정당하게 매입세액을 공제받는다는 인식 하에 거래를 했으므로 40%의 과소신고가산세 부분은 취소돼야 한다”고도 했다.

다만 A사는 E사와의 공급가액 4억5200만원짜리 세금계산서에 대해서는 발급시기가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당이 된다고 인정했다. 따라서 원고가 부담해야 할 세액은 이와 관련한 7000여만원에 국한된다고 주장했다.

재판부는 A사의 주장을 대부분 받아들였다. 재판부는 “A사는 B사가 C·D사와 거래할 당시 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 명의위장사실을 알지 못했고 알지 못한 데에 과실이 없는 특별한 사정이 있다고 보는 것이 타당하다”며 이에 대한 도봉세무서의 부가세 경정고지는 위법하다고 봤다.

그러면서 “B사가 E사로부터 받은 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 사실은 다툼이 없다”며 “이와 관련한 정당세액은 7465만원”이라고 판시했다.

이에 재판부는 도봉세무서가 A사에 대해 부과한 총 3억5000여만원의 부가세 중 7465만원을 초과하는 부분을 취소했다. 소송비용은 A사가 10%, 도봉세무서가 90%를 부담하도록 했다.