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국세청에 따르면 모범납세자에 대한 세정상 우대 혜택은 국세청장 표창 이상 수상자는 선정일로부터 3년간, 지방국세청장·세무서장 표창 수상자는 2년간 각각 제공한다.
대표적인 세정상 우대 혜택은 세무조사 유예다. 다만 객관적이고 명백한 조세포탈 행위 등이 있을 경우 우대 혜택을 배제한다. 기업의 자금 사정 악화 등으로 납부기한 등의 연장이나 납부 고지 유예 및 압류·매각 유예 시 체납 이력을 감안해 조세일실 우려가 없는 경우 5억원 한도 내에서 납세담보 제공을 면제한다.
세무서 민원봉사실에서는 모범납세자 전용 창구를 이용해 민원접수 등의 서비스를 받을 수 있다. 인천공항에는 모범납세자 전용 비즈니스센터가 있는데 간단한 사무·휴식을 취하거나 납세 지원 서비스, 휴대용 통·번역기 대여 서비스도 가능하다.
일상 생활에서 받을 수 있는 혜택도 다양하다.
먼저 납세자의 날에 표창 등을 수상한 모범납세자는 선정일로부터 1년간 업무목적으로 주중 철도를 이용하면 최대 30% 운임이 할인된다. 적격심사를 통과한 모범납세자 중 정부포상·기획재정부 장관 표창 수상자는 3년간, 국세청장·지방청장 표창 수상자는 2년간 공항 출입국 우대심사대도 이용할 수 있다.
국세청장이 배부한 모범납세자 스티커 부착차량은 선정일로부터 1년간 지방자치단체가 운영하는 공영주차장 및 국립공원 주차장 무료 이용 이용이 가능하다.
신용보증기금 보증 심사 시에는 한도 우대와 보증료율 0.2%포인트 인하, 보증 비율 최대 90%를 우대한다. 서울보증보험주식회사의 이행보증 보험료 10% 인하, 보증한도 10억~30억원 확대, 맞춤형 신용관리 서비스 무상지원 혜택도 주어진다.
국방부 물품·용역 적격 심사와 방위사업청 물품·장비정비용역 적격 심사 때는 가점을 ㅂ여한다.
국세청은 신한은행·우리은행·IBK기업은행·NH농협과 부산·경남·제주은행 등과 업무협약을 체결해 모범납세자에 대해 대출금리 경감이나 금융수수료 면제 등 금융상 우대도 제공한다. 강동경희대병원·일산백병원·을지대학병원·부산 동의의료원 등과도 업무협약을 맺고 의료비 할인 혜택도 준다.
소노인터내셔널(옛 대명리조트)이 보유 중인 전국 모든 콘도·호텔에서는 비수기에 준회원 수준의 요금 할인도 받을 수 있다. 주유·의료 등에서 특별 혜택이 제공되는 신한카드도 발급 받는다.